Teniendo en su acervo documentos desde 1661, como el que contiene información de la fundación del Hospital de San Juan de Dios; pasando por una copia del Acta de Independencia de 1821, que el Imperio Mexicano envió a San Juan del Río; documentos de los preparativos de las visitas del Emperador Maximiliano de Habsburgo y del ex Presidente de México, Antonio López de Santa Anna, son solo una parte del patrimonio que posee el Archivo Histórico de San Juan del Río.
Neftalí Sáenz Bárcenas, Jefe de Patrimonio Cultural de San Juan del Río, explicó que el Archivo Histórico, ha vivido varias etapas y fue en 1988 cuando por instrucciones del Presidente Municipal de esa época, la Sra. Beatriz Cuéllar Quiroz empieza a encargarse de rescatar, organizar y conservar los documentos, libros, carpetas, expedientes y legajos que forman parte del Archivo Histórico.
Fue el 4 de mayo de 2005 que el Archivo Histórico de San Juan del Río se une al programa del Registro Nacional de Archivos, del Archivo General de la Nación, institución que otorga al de San Juan del Río el código MX22016AMSJR. Previamente ya se había organizado en fondos documentales, la información histórica de diversos ámbitos de la vida de San Juan del Río, como los padrones de producción de las haciendas, registros de nacimiento, matrimonio y defunción de los siglos XVIII y XIX, Actas de Cabildo de 1822 a 1991, registro de presos de 1901 a 1967, por mencionar algunos temas.
También aquí, se puede consultar físicamente, el Periódico Oficial “La Sombra de Arteaga”, desde 1870, hasta 1990, y a partir de este año se encuentra disponible en el portal de internet de Gobierno del Estado; además se encuentran revistas de Cronistas Municipales del Estado de Querétaro desde el año 1990 al 2015; y una colección de Informes de Gobierno del Estado, de 1854 a 1971.
Desde el 2015 se inició con la digitalización del Archivo Histórico, trabajo que lleva un avance hasta 1990, con la finalidad de proteger los documentos originales y mejorar la atención al público, con la posibilidad de que se consulten los archivos de manera digital y puedan ser portables para su investigación.
Actualmente el Archivo Histórico, se ubica en el Portal del Diezmo y proporciona asistencia a investigadores, historiadores, académicos, estudiantes y público en general, en un horario de lunes a viernes de 8:30 de la mañana a 3:30 de la tarde. También pueden solicitarse visitas guiadas, previa carta de petición de un particular o grupo.
